Панель для визначення мутацій при колоноректальному раку
Доступні продукти:
Назва/опис
К-ть тестів
Код
Панель визначення мутацій колоноректального раку для ПЛР у реальному часі
48
CRC-RT48
*Всі контролі включено.
KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA та AKT1 мутації та рак
Колоноректальний рак (CRC) виникає через прогресуюче накопичення генетичних альтерацій, що кодують протеїни, залучені до ланцюга пригнічення рецептору епідермального ростового фактору (EGFR). KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA та AKT1 соматичні мутації зазвичай виявляють при CRC з частотою 36-40%, 1-6%, 8-10%, 10-30% та 1-6%, відповідно.
Ген KRAS кодує малу GTPазу, що відограє ключову роль в передачі сигналу від рецептору епідермального ростового фактору (EGFR) до пригнічуючих механізмів. KRAS мутації зазвичай виявляють в кількох типах пухлин людини, таких, як метастатичний колоноректальний рак (mCRC), аденокарцинома легенів та рак щитовидної залози. Найчастіше мутації виникають в 12 та 13 кодонах KRAS. Деякі дослідження продемонстрували, що пухлини з будь-якими формами мутації гену KRAS менш чутливі до анти-EGFR антитільної терапії (Van Cutsem et al. 2011). Американською Асоціацією Клінічних Онкологів (ASCO) нещодавно було випущено перший Тимчасовий Клінічний Огляд (PCO), що припускає, що всі пацієнти, які отримують анти-EGFR терапію моноклональними антитілами (e.g. cetuximab, panitumumab та erlotnib) мають бути включені до скринінгу на KRAS мутації. Останні дослідження показали, ще не всі пацієнти з mCRC та диким типом KRAS пухлин відповідають на анти-EGFR терапію (Shaib et al. 2013). Це дає підстави припустити, що інші гени та механізми можуть бути залучені до явища резистентності до терапії. Мутації в BRAF, інший пригнічуючий ефектор в EGF-активованому ланцюгу, визначають в 8-10% mCRC пухлин. Дослідження пацієнтів, хворих на mCRC показали нечутливість до анти-EGFR терапії у пацієнтів з пухлинами, що експресують мутований BRAF (Di Nicolantonio et al. 2008). Ті самі пацієнти не мали прогресування та мали кращі показники загального виживання у разі, коли отримували терапію антагоністами EGFR.
У випадках раку товстої кишки без KRAS або BRAF мутації, наявність NRAS мутації також повязують з нечутливістю до анти-EGFR терапії. NRAS це член родини RAS GTPаз та відіграє центральну роль у MAPK вигнальному ланцюгу. Активацію мутацій в екзоні 2 (кодон 12/13), екзоні 3 (кодон 61), та екзоні 4 (кодон 146) було виявлено при різних пухлинах, у тому числі в 1-6% колоноректального раку. Ці знахідки дають підстави рекомендувати скринінг на KRAS, BRAF та NRAS мутації для більш точної ідентифікації пухлиних клітин, нечутливих до анти-EGFR препаратів.
Додаткові біомаркери, такі, як PIK3CA було також асоційовано з поганою чутливістю до анти-EGFR терапії (Mao et al. 2012), і хоча їхня прогностична роль все ще предмет обговорення, PIK3CA представляється одним з найбільш часто мутуючих генів при CRC, оскільки 10%–30% випадків CRCs характеризуються активацією мутації PIK3CA. Ця соматична мутація зазвичай має місце в екзоні 9, що кодує спільний домайн та в екзоні 20, що кодує кіназний домайн. Ген PIK3CA кодує p110a субодиницю фосфатиділ 3-кінази, ліпіду, залученого до PI3K-AKT-mTOR ланцюгу регуляції клітинного росту, виживання та проліферації. Інший ключовий протеїн, що функціонує як компонент PI3K сигнального ланцюга – це AKT1, серін-треонін кіназа. AKT1 це пригнічуючий медіатор PI3 кінази. Соматичні мутації, що полягають у заміщенні глутамату (Е) лізином (К) в амінокислотній позиції 17 є результатом конституційно активної форми ензиму, що більше не залежить від активації стимулюючих ланок ланцюга. AKT1 E17K мутацію виявляють при різних раках, включаючи рак товстої кишки, легенів та молочної залози. Дослідження показали, що пухлини, що містять мутації AKT1 E17K є менш чутливими до інгібіторів AKT (Carpten et al. 2007). Однак, пухлини з мутаціями AKT1 E17K є зазвичай негативними на мутації EGFR, KRAS та ALK.
В таблиці приведено частоту 5 найбільш поширених онкогенних мутацій, що визначаються при CRC.
Панель для визначення мутацій колоноректального раку призначено для визначення соматичних мутацій в генах KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA та AKT1. В таблиці приведено перелік мутацій, що визначає цей набір
Ген
Екзон
Зміна амінокислоти
Зміна нуклеотиду
Cosmic ID
Reaction No.
KRAS
2
G12A
c.35G>C
522
1
G12D
c.35G>A
521
1
G12R
c.34G>C
518
1
G12C
c.34G>T
516
1
G12S
c.34G>A
517
1
G12V
c.35G>T
520
1
G13D
c.38G>A
532
1
3
A59T
c.175G>A
546
6
A59E
c.176C>A
547
6
A59G
c.176C>G
28518
6
Q61H
c.183A>C
554
4
Q61H
c.183A>T
555
4
Q61L
c.182A>T
553
4
Q61R
c.182A>G
552
4
4
K117N
c.351A>C
19940
1
K117N
c.351A>T
28519
1
K117R
c.350A>G
4696722
1
K117E
c.349A>G
–
1
A146T
c.436G>A
19404
5
A146P
c.436G>C
19905
5
A146V
c.437C>T
19900
5
NRAS
2
G12D
c.35G>A
564
2
G12S
c.34G>A
563
2
G12C
c.34G>T
562
2
G13R
c.37G>C
569
2
G13V
c.38G>T
574
2
3
A59T
c.175G>A
578
6
A59D
c.176C>A
253327
6
Q61K
c.181C>A
580
3
Q61L
c.182A>T
583
3
Q61R
c.182A>G
584
3
Q61H
c.183A>C
586
3
Q61H
c.183A>T
585
3
4
K117R
c.350A>G
–
2
A146T
c.436G>A
27174
5
BRAF
15
V600E
c.1799T>A
476
3
V600E2
c.1799_1800TG>AA
–
3
V600D
c.1799_1800TG>AT
477
3
V600K
c.1798_1799GT>AA
473
3
PIK3CA
9
E542K
c.1624G>A
760
4
E545K
c.1633G>A
763
4
E545Q
c.1633G>C
27133
4
20
H1047R
c.3140A>G
775
4
H1047L
c.3140A>T
776
4
AKT1
4
E17K
c.49G>A
33765
6
Процедура та аналізy
EntroGen’s панель для визначення мутацій при колоноректальному раку це дослідження на осноаі полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР), що використовує алель-специфічні праймери в мультиплексній реакції для визначення мутацій у генах KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA та AKT1, загалом 6 реакцій на зразок. Тестова процедура включає 3 протих кроки:
Ізоляція ДНК з біопсії пухлини, фіксованих у формаліні, залитих у парафін зрізів (FFPE), або свіжо-замороженої пухлинної тканини.
Ампліфікація ДНК з використанням аллель-специфічних зондів.
Аналіз результатів ампліфікації у реальному часі із використанням програмного забезпечення.
Тест може бути виконано лише за 2 години, починаючи від ізоляції ДНК до отримання результату.
Обладнання та матеріали
EntroGen панель для визначення мутацій при колоноректальному раку потребує ПЛР ампліфікатора у реальному часі, налаштованого на детекцію FAM, VIC, ROX та CY5 флуоресцентних зондів.
Набір включає реагенти, необхідні для ПЛР ампліфікації і детекції, а також контролі для валідації реакції. Колонки та реагенти для ізоляції ДНК до складу набору не входять.
Призначення:
США: тільки для дослідницьких цілей (RUO). Не для діагностики in vitro.
Європа: доступний як для дослідницьких цілей (RUO).
